Tại chùa còn nhiều văn bia cổ và đặc biệt là một chiếc thống đá từ thời Lê có ghi "石确侗午寺"[1] (phiên âm: Thạch xác Đồng Ngọ Tự). Chữ "侗" ngoài phiên âm Đồng thì còn một âm là Động [2] vì vậy còn có tên là chùa Động Ngọ. Tuy nhiên Đồng Ngọ là tên được sử dụng thường ngày và phổ biến, trên tam quan chùa hiện nay treo biển "同午寺" (phiên âm: Đồng Ngọ Tự).

Chùa thường được người địa phương gọi là chùa Cập Nhất theo tên của thôn nơi chùa tọa lạc, tên Nôm là chùa Phẩm. Chùa còn tên cũ trong các sách cổ là chùa Linh Ứng, hay đầy đủ là chùa Linh Ứng Đồng Ngọ [3].